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科研进展

我园研究人员与黑龙江农业科学院合作解析大豆GmJAG1新的转录因子结合基序(Motif)

作者: 生物信息学课题组  来源:原创  发布时间:2024-07-03  浏览数:543  
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转录因子结合基序(TF Binding Motif)是转录因子结合到下游基因的一段保守DNA序列,通常为6-10bp长度,是基因转录调控的重要元件,其突变往往会改变植物基因组稳定性以及转录因子对下游基因表达调控的能力。

   大豆GmJAG1是著名的QTL(Ln locus)上的一个关键转录因子,控制大豆开花、果荚、种子发育过程。然而,目前GmJAG1是如何调控植物体内基因表达,从而最终塑造植物表型的分子机制目前没人报道,其比较关键的因素在于目前GmJAG1结合到基因组的DNA上的过程暂不清楚。为了进一步解析GmJAG1结合的motif,作者利用目前比较广泛使用的DNA亲和纯化测序方法(DAP-seq),对GmJAG1结合位点进行全基因组分析,并且利用de novo的Motif预测方法对GmJAG1结合的保守区域进行预测,发现两个新的GmJAG1 Motif,分别命名为M1和M2,进一步利用EMSA实验做进一步验证。作者同时利用Motif扫描,预测了GmJAG1在大豆全基因组的调控网络。这些发现,为后续解析GmJAG1的调控分子机制奠定扎实的工作基础。

相关研究以“Identification of the New GmJAG1 Transcription Factor Binding Motifs Using DAP-Seq”,在Plants(中科院2区,IF 4.4)上发表。黑龙江农业科学院大豆研究所所长王金星为第一作者,江西省、中国科学院庐山植物园生物信息学组胡玉芳为论文通讯作者。文章得到黑龙江科技创新计划、江西省自然科学基金的支持。

(文章链接:https://doi.org/10.3390/plants13121708